O delegado é réu num processo criminal movido pelo Ministério Público Federal (MPF/SP), pelo crime de sequestro qualificado do corretor de valores Edgar de Aquino Duarte, em junho de 1971. Junto com ele, são réus o coronel reformado do Exército Carlos Alberto Brilhante Ustra, comandante do Doi-Codi no período de 1970 a 1974 e o delegado aposentado Alcides Singillo. A denúncia, movida pelo procurador Sérgio Suiama foi acolhida pela Justiça Federal em 23-10-2012.
Carlos Alberto Augusto é acusado de envolvimento em desaparecimentos e de comandar sessões de tortura no Dops (Departamento de Ordem Política e Social), durante a ditadura militar (1964-1985).
No Dops, trabalhou de janeiro de 1970 a 1977 onde foi apelidado de “Carlinhos Metralha”, pois costumava andar pelos corredores do departamento portando uma metralhadora. Augusto era subordinado de Sérgio Paranhos Fleury, de quem defende a memória, organizando homenagens, como uma missa convocada para celebrar 30 anos da morte de Fleury, ocorrida em 2009: “familiares, amigos, ex-policiais do Dops e informantes contam com sua presença à missa”.
Augusto ajudou a organizar o massacre da Chácara São Bento, ocorrido em São Bento, em Pernambuco, em 1973. Na ação, feita com a participação do agente infiltrado Cabo Anselmo, de quem Augusto é amigo, seis militantes da organização VPR (Vanguarda Popular Revolucionária) foram executados.
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