No Substitutivo, o líder do Governo, além de dar nome à comissão, que passa a se chamar Comissão da Memória e Verdade Dom Helder Câmara, modifica alguns artigos que aperfeiçoam o projeto, dando-lhe mais abrangência. A primeira modificação foi feita no Art. 2º, que estende para não pernambucanos a participação na Comissão.
Outra modificação foi feita na competência da Comissão, que acrescentou os casos de estupros e sequestros, no segundo item do Art. 3º, ficando a comissão com a competência de, entre outros itens, “promover o esclarecimento circunstanciado dos casos de torturas, mortes, estupros, sequestros, desaparecimentos forçados, ocultação de cadáveres e sua autoria, ocorridos no território do Estado de Pernambuco, ou contra pernambucanos, ainda que ocorridos fora do Estado”.
O Substitutivo também dá maior abrangência aos órgãos públicos e instituições sociais que poderão atuar de forma articulada e integrada com a Comissão. Ele altera alguns itens do Art. 6º, incluindo todas as universidades sediadas no estado (Item VI do Art. 6º), não só a Universidade Católica de Pernambuco, como estava previsto no projeto original, além estender a todas as secretarias municipais de Direitos Humanos ou assemelhadas (Item IX do Art. 6º) a interação com a Comissão, e não apenas a secretaria do município do Recife.
O Substitutivo nº 01 do deputado Waldemar Borges acrescenta um parágrafo único ao Art. 9º, que diz que “a Comissão Estadual da Memória e Verdade Dom Helder Câmara terá prazo de 2 (dois) anos, podendo ser renovado uma única vez, por igual período, contados da data de sua instalação, para a conclusão dos trabalhos, devendo apresentar, ao final, relatório circunstanciado contendo as atividades realizadas, os fatos examinados, as conclusões e recomendações”. A nova redação acrescente que “no caso de renovação do prazo, poderá haver substituição de até 1/3 (um terço) dos membros que integram a Comissão, nos termos do Regimento Interno previsto no art. 12 desta Lei”.